Mallorca RCD

Eto'o bị Real Madrid rao bán cho Mallorca vì không tìm được 1 vị trí vững chắc trong đội hình vào năm 2000. Đó là khoảng thới gian bước ngoặt trong sự nghiệp của anh. Anh đã giúp CLB đoạt Cúp Nhà vua 2003. Sau đó, Eto'o được nhận lấy chiếc băng thủ quân, góp phần đưa Mallorca lần đầu tiên dự Champions League. Trước khi rời đi, anh cũng trở thành chân sút vĩ đại nhất của CLB.

Barcelona

Samuel Eto'o chuyển đến Barcelona tháng 8-2004 từ Mallorca với mức phí chuyển nhượng là 24 triệu Euro. Eto'o có trận đấu đầu tiên trong màu áo Barca vào ngày 29-8-2004 với CLB Racing Santander. Eto'o đã đoạt danh hiệu Pichichi (Cầu thủ ghi nhiều bàn thắng nhất tại giải vô địch quốc gia Tây Ban Nha La Liga) vào năm 2006, với 26 bàn thắng. Cũng trong mùa giải thành công 2005-2006, Eto'o đã ghi 6 bàn thắng tại cúp châu âu UEFA Champion League, trong đó có bàn thắng ấn định chiến thắng 2-1 được ghi ở phút thứ 76 trận chung kết với CLB Arsenal.

Ngày 14 tháng 2 năm 2009, anh ghi bàn thứ 99 và 100 tại La Liga cho Barcelona trong trận hòa 2–2 với Real Betis. Eto'o ghi bàn thứ 30 trong mùa giải 2008–09 trong trận đấu với Real Valladolid. Trận đấu kết thúc với tỉ số 1–0 và Barcelona dẫn trước Real Madrid 6 điểm. Anh cũng ghi bàn trong trận đấu với Villarreal CF qua đó giúp Barcelona vô địch La Liga sớm. Eto'o đã toả sáng trong trận chung kết UEFA Champions League 2009 với Manchester United khi ghi bàn mở tỷ số ở phút thứ 10 qua đó giúp đội bóng của anh giành chiến thắng chung cuộc 2-0.

Mùa giải 2008-2009 là một mùa giải thành công nhất trong lịch sử Barça khi đội bóng giành cú ăn ba. Trong năm mùa giải chơi bóng cùng Barcelona, Eto'o đã ghi được 108 bàn thắng

Inter Milan

Chuyển sang Inter Milan vào tháng 7 năm 2009 với thỏa thuận Ibrahimovic chuyển sang Barcelona thi đấu,cũng tại Inter Milan, anh vẫn chứng tỏ được khả năng của mình và là một trụ cột không thể thiếu được trong sơ đồ chiến thuật của huấn luyện viên Jose Mourinho. Tuy nhiên anh đã bị xếp đá thấp hơn so với Diego Milito, Là linh hồn trong mọi đợt phản - tấn công, anh thường xuyên được bầu chọn là cầu thủ xuất sắc nhất trận đấu tại Serie A, cũng như tại UEFA Champions League, đặc biệt Samuel Eto'o chính là nhân tố giúp Inter đánh bại đội bóng cũ Barcelona của mình tại đấu trường này - đội bóng mùa trước từng cùng anh giành cú ăn 6 lịch sử. Cũng trong thời gian ở Inter anh đã đi vào lịch sử khi là người tham gia đầy đủ ở 3 trân chung kết champions league đầu tiên và đều đi đến thắng lợi sau cùng, anh cũng là người góp công lới vào cú ăn ba thần thánh của Inter mùa giải 2009/2010 khi vô địch trên cả ba mặt trận là Copa Italy, Serie A, Champions league.

FC Anzhi Makhachkala

Sau khi tạo dấu ấn rất lớn ở Inter Milan, là linh hồn trong lối chơi của đội bóng thủ đô nước Ý, anh đã được trải thảm đỏ để sang đội bóng nhà giàu nước Nga thi đấu. Tại đây, anh đã trở thành cầu thủ nhận lương cao nhất thế giới, 400.000 euro/tuần.Tuy nhiên đến tháng 7/2013, CLB Anzhi Makhachkala đã phải cắt giảm phân lớn chi phí hoạt động do ông chủ CLB là tỷ phú Suleyman Kerimov đã bị điều tra về những vi phạm kinh tế cùng với việc thua lỗ trong kinh doanh. Vì vậy Eto'o đã bi CLB Anzhi Makhachkala cắt giảm lương và anh đã yêu cầu được giải phóng hợp đồng để tìm CLB mới.

Chelsea

Ngày 29 tháng 8 năm 2013, trang chủ câu lạc bộ Chelsea chính thức xác nhận Eto'o đã ký vào bảng hợp đồng có thời hạn 1 năm với đội chủ sân Stamford Bridge[6]. Anh sẽ mang số áo 29, số áo đang thuộc về tiền đạo Demba Ba, và Chelsea đã quyết định đổi số áo của Demba Ba thành số 19. Tại Chelsea Eto'o sẽ tái ngộ với huấn luyện viên José Mourinho, người đã từng làm việc với anh ở Inter Milan.

Anh có bàn thắng đầu tiên cho câu lạc bộ mới đến trong trận thắng 4-1 trước Cardiff City vào ngày 19 tháng 10, trước đó anh đã kiến tạo cho Eden Hazard ghi bàn mở tỉ số.[7] Ngày 7 tháng 11 anh lập cú đúp giúp Chelsea thắng Schalke 04 4-0 trong trận đấu thuộc khuôn khổ lượt về vòng bảng Champions League[8].

Ngày 19/01/2014 Eto'o có cú Hatrick đầu tiên cho Chelsea vào lưới Manchester United tại vòng 22 Ngoại Hạng Anh, giúp Chelsea thắng chung cuộc 3-1. Anh ghi tên mình là cầu thủ thứ 4 ghi được 3 bàn thắng vào lưới Manchester United từ năm 1954 tại các giải quốc nội Anh.

Tháng 6/2014 anh chuyển sang Everton